بالرغم من الفوائد الكثيرة التي يقدمها بذر الكتان الا انه عند تناوله بكميات كبيرة او في بعض الحالان قد يؤدي الى العديد من الأضرار ومن هذا الأضرار :
اولاً : حدوث بعض المشاكل في الجهاز الهضمي مثل الغثيان والامساك والاسهال وحدوث بعض الام البطن وكذلك وجود الغازات والانتفاخ .
ثانياً : قد تسبب السمية في بعض الحالات عند تناولها غير ناضجة او نيئة .
ثالثاً : تعمل على زيادة تميع الدم مما يراعي الحذر عند تناولها وقت النزيف .
رابعاً : عند تناول بذور الكتان مع الادوية يعمل على تقليل امتصاص الدواء .
خامساً : تجنب تناول بذور الكتان عند انخفاض ضغط الدم لأسيعمل على خفض الدم بنسية عالية.