هنالك خطرين لأعادة تعبئة زجاجات المياه البلاستيك ومنها
تسرب مواد كيميائية ضارة ومسرطنة، ونمو البكتيريا.زجاجات المياه البلاستيكية مصنوعة من البولي إيثيلين تيريفثاليتأو (PET). أكدت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية على ان مادة البولي إيثيلين تيريفثاليتأو امنة للاستخدام الفردي لمرة واحد فقط وتصبح خطيره اذا تم استخدامها أكثر من مرة. يوجد ايضا مادة الأنتيمون بشكل شائع في البلاستيك المستخدم في صنع زجاجات المياه البلاستيك. إذا تم تناوله، يمكن أن يسبب أعراض مثل القيء والإسهال، لكنه لا يعتبر مادة مسرطنة.
ليس من المفترض استخدام زجاجات المياه البلاستيك أكثر من مرة, من المفترض إعادة تدويرها بعد شرب المياه الأصلية التي تحتوي عليها. وذلك بسبب تكسير البلاستيك الموجود على الزجاجات التي تستخدم لمرة واحدة بسهولة وتخفيفه، مما يسهل على البكتيريا النمو في الشقوق الدقيقة. يجب الحرص على غسل عبوة المياه البلاستيك لتجنب النمو البكتيري النشط.
إذا كنت مصرًا على اعادة استخدام عبوة المياة البلاستيك يجب تنظيف عبوة المياه البلاستيكية التي تستخدم لمرة واحدة قبل إعادة تعبئتها، لمنع نمو البكتيريا. لتنظيف زجاجة المياه البلاستيك بشكل صحيح، يجب شطفها جيدًا بالصابون، والتحقق للتأكد من عدم وجود ترقق للبلاستيك أو تمزقه، وتأكد من أن الماء الذي تستخدمه لغسله ليس ساخنًا. وذلك لأن الماء الساخن يزيد من مخاطر تسرب مادة بيسفينول أ (المعروفة باسم BPA)، وهي مادة كيميائية تستخدم في تصنيع البلاستيك متعدد الكربونات. تم ربط استهلاك بيسفينول أ (BPA) بمجموعة واسعة من المشكلات الصحية، بما في ذلك اضطرابات الغدد الصماء وأنواع معينة من السرطانات.