بالرغم من الفوائد العديدة لزيت السمك الا انه قد يقوم بالعديد من الاثار الجانبية عند تناوله بكميات كبيرة ومن هذه الاثار ما يأتي :
اولاً : الاصابة ببعض المشاكل التي تصيب الجهاز الهضمي وحدوث حرقة في المعدة و التجشؤ و الغثيان والاسهال و عسر الهضم .
ثانياً : قد يؤدي الى ظهور طفح جلدي على الجسم بالاضافة الى نزيف الانف و وجود رائحة كريهة للفم .
ثالثاً : الكميات الكبيرة من زيت السمك تمنع تخثر الدم و تزيد من خطر النزيف .