الإكثار من شرب الشاي بالليمون يؤدي إلى الشعور بحرقة في المعدة و ذلك نتيجة زيادة الحمض فيها، و قد يؤدي الإفراط في تناوله إلى تطورها إلى قرحة معدية.
و بالإضافة إلى ذلك فإنه يسبب تآكل في طبقة مينا الأسنان و يعمل على إضعافها، و لا بد من الاعتدال في تناوله للحصول على فوائده و تجنب أضراره.