يعد التناول المعتدل للزعتر آمن ولا يشكل اي اضرار او خطر على صحة الشخص الا ان التناول المفرط فيه قد يسبب بعض الاضطرابات الهضمية كما انه يجب الحذر عند بعض الفئات من تناوله و من هذه الفئات :
اولاً : يجب الحذر عند تناول الزعتر من قبل الاشخاص الذين يعانون من الحساسية لبعض الهرمونات حيث ان الزعتر يعمل عمل هرمون الاستروجين الذي قد يزيد من خطر الاصابة بسرطان الرحم و سرطان المبيض و سرطان الثدي .
ثانياً : يعمل الزعتر على زيادة سيولة الدم حيث انه يجب الابتعاد عنه عند من يعانون من اضطرابات النزيف كما يجب الابتعاد عنه قبل موعد العملية الجراحية بأسبوعين على الاقل .