إن الخلاف بين السنة والشيعة نشأ في بدايته على أساس من يستحق الخلافة عثمان أم علي رضي الله عنهما، فكانت وصية عمر أن يختاروا من بعده خليفة من بين ثمانية رجال أسماهم هو قبل موته، فلما جاء وقت الاختيار كان أغلب الاختيار على اسم علي رضي الله عنه ، ولكن كان للصحابة شرط ان يقول أنني أسير على كتاب الله وسنة رسوله وعلى سنة الشيخين، والمقصود بهم ابو بكر وعمر، فرفض علي وقال أسير على اجتهادي ايضا ، فرفض الصحابة ذلك وقالوا لعثمان هل تسير على ما كان عليه الشيخان؟ قال نعم، فتم تسليم الخلافة لعثمان، ثم بعد وفاته آلت لعلي.
لكن في فترة حكم عثمان كان هناك انصار لعلي يريدونه وبقي ذلك التشدد حتى بعد انتهاء عهد الخلافة الراشدة بدأ اتباع علي باصدار بعض ما هو مستغرب في الدين وبقي الخلاف يتعمق حتى ظهر ببعض الافكار العقدية وايضا الفقهية ، بين السنة والشيعة.
ولكن لو أمعنا النظر في الخلاف لوجدنا ان اغلب السنة والشيعة الذين يشعلون فتيل الخلاف لا يستخدمون الحكمة في خلافهم ، حيث يضعونه أولوية ونسوا أن الأولوية ترتيب البيت الداخلي الاسلامي ضد ما يحدق به من أخطار خارجية.