يعتبر خل التفاح مادة قوية للغاية، ويمكن أن يسبب تناوله على الريق بعض المشكلات مثل قرحة المعدة.
كما ان أن حمض الخليك الموجود في خل التفاح قد يضر أيضاً بميناء الأسنان ويسبب تآكلها
تناول كميات كبيرة من خل التفاح يمكن ان تسبب بنقص في البوتاسيوم و حدوث ضعف للعظام
ابقاء الطعام في المعدة لفترة طويلة لانه يمنع ارتفاع السكر في الدم و بالتالي بطئ في عملية امتصاص الطعام و في هذه الحالة لا تعمل اعصاب المعدة بشكل صحيح
يسبب عسر هضم و بالتالي الشعور بالغثيان
يتفاعل خل التقاح مع الادوية لانه يقلل مستويات البوتاسيوم ما يؤدي لحدوث مشاكل ومنها ادوية السكري