يضيف تناول بذور الكتان الكثير من الفوائد الصحية للجسم , بحيث تحتوي على الألياف والمغنيسيوم , والحديد بكميات كبيرة والتي جميعها تعتبر مهمة للحفاظ على صحة الجسم , فمحتواها من الحديد يساعد في تقليل فرصة التعرض لفقر الدم , كما يساعد محتواها من الألياف على تقليل مخاطر أمراض الجهاز الهضمي المتنوعة بما فيها متلازمة القولون العصبي والتي تتمثل بظهور تشنجات في المعدة , ونفخة , وإسهال , وبعض الأحيان إمساك , وتعتبر بذور الكتان ايضاً مصدر جيد للأحماض الأمينية الاوميغا3 والتي تعزز من صحة الجهاز الهضمي متعاونةً مع الألياف , والتي تساعد على تنظيم الأمعاء بشكل كبير وتساعد الزيوت الصحية المتواجدة في بذور الكتان على جعل مرور المواد الغذائية سهل مما يقلل مخاطر المضاعفات المرتبطة بالقولون.