بالرغم من وجود العديد من الفوائد الصحية لفول الصويا الا انه قد يشكل بعض الاضرار الصحية على جسم الانسان و من ابرز هذه الاضرار ما يأتي :
اولاً : يتعرض زيت الصويا الى العديد من عمليات الهدرجة و ذلك لزيادة صلاحيته و زيادة صلابته حيث يحتوي على الدهون المتحولة التي تزيد من خطر الاصابة بأمراض القلب و الاوعية الدموية .
ثانياً : يعتبر زيت الصويا من المصادر الغنية بحمض اوميغا 6 حيث ان تناول كميات كبيرة منه يسبب عدم توازن في مستويات حمض اوميغا 3 و حمض اوميغا 6 و يزيد من خطر الاصابة بالالتهابات .
ثالثاً : يسبب الاصابة بالحساسية عند بعض الافراد و خاصة عند من يعانون حساية تجاه فول الصويا او الفول السوداني .