هناك فرق بالتاكيد بين طبيب الباطنية و الطبيب الهضمي، حيث إن الطب الباطني هو طب شامل يتضمن عدة أقسام تشمل جميع الامراض الباطنية بشكل عام، مثل امراض الجهاز التنفسي، والهضمي ، ومشاكل القلب، وأمراض الغدد الصماء، وأمراض الدم، والكلى والأعصاب، وغيرها الكثير.
كما أن كل فرع من فروع الباطنية يوجد له متخصص ، أي طبيب متخصص فقط في هذا المجال، على عكس طبيب الباطنية العامه الذي يعالج جميع الأمراض المتعلقة بالباطنية لكن بالطبع ليس بكفاءة الطبيب المتخصص، لذا يعتبر تخصص أمراض الجهاز الهضمي تخصص دقيق وفرعي من الباطني، والدكتور الهضمي هو طبيب مختص بهاذا المجال على وجه التحديد.