توجد العديد من الاسباب وراء الاصابة بالاسهال المزمن. اكثرها شيوعاً:
- متلازمة القولون العصبي .
- العدوى كما في بعض حالات السفر، او التعرض لغذاء ملوث.
- مشاكل عدم تحمل الغذاء او الحساسية الغذائية
- اضطرابات الغدد الصماء، مثل: فرط نشاط الغدة الدرقية يمكن أن يسبب الإسهال المزمن وفقدان الوزن.
- تناول بعض الادوية.