من الممكن أن يبقى بعض الآثار الجانبية لعملية زراعة الشعر ومنها:
- ترقق الشعر وهو أمر طبيعي إذ إنّ سماكة الشعر ستعود لطبيعتها بعد فترة من الزمن.
- خراج قد يظهر في المناطق التي تمت زراعة الشعر فيها.
- الحكة وغالبًا ما تحدث في الأيام الأولى بعد إجراء العملية.
- التورم والانتفاخ.
- التورم وبشكل خاص منطقة الجبهة والعين.
وتعتبر جميع هذه التأثيرات طبيعية وستزول بعد فترة من الزمن.