يزيد الثوم من تأثير بعض الأدوية المميعة للدم، ومضادات الصفائح الدموية، والأدوية المضادة للتخثُّر، إذ يُسبِّب تناول الثوم مع هذه الأدوية إلى زيادة خطر الإصابة بالنزيف، كما أنَّه قد يزيد تأثير الأدوية المُستخدَمة في علاج السكري، الأمر الذي يزيد من خطر الإصابة بانخفاض مستوى السكر في الدم، بالإضافة إلى ذلك فإنَّه يُقلِّل من مستوى أدوية مثبطات البروتياز ( Protease inhibitor) المُستخدَمة في علاج فيروس نقص المناعة البشري، الأمر الذي يقلِّل من فعاليتها.
في الحقيقة يُعتقَد أنَّ تفاعلات الثوم مع الأدوية ناتجة عن تأثيرها في مجموعة الأنزيمات الكبدية المعروفة CYP450 خصوصًا CYP1A2, CYP2D6, CYP3A4 بالإضافة إلى تأثيرها على بيتا غلايكوبروتين (P-Glycoprotein).
يُعد الثوم من الأطعمة الآمنة، إلا أنَّه يرتبط بعدد من الآثار الجانبية من أشهرها: رائحة الجسم والنفس الكريهة، بالإضافة إلى أنَّها قد ترتبط بالإصابة بالشعور بالغثيان، والانتفاخ، ويرتبط استخدامه الموضعي أحيانًا بإصابة الجلد بالحرق، كما ويجدر التنويه إلى أنَّ تناول كميات كبيرة جدًا منه يزيد من خطر الإصابة بالنزيف.