لا يوجد تفسير علمي دقيق لعدم انتهاء أو جفاف مياه بئر زمزم، فجميع الدراسات والأبحاث لم تجد تحليلاً علمياً على المدة الزمنية المستقبلية لهذا البئر، إن هذه المياه تنبع منذ أكثر من خمسة الألف عام بحيث لم تجف أو نتقص طول هذه المدة، وهو الشيء الذي يدل على مدى الإعجاز الموجود في هذا البئر.
البئر الذي يوجد في مدينة مكة المكرمة، وفي التحديد على بعد واحد وعشرون متراً شرقي الكعبة المشرفة، أما بالنسبة إلى عمق البئر فإن عمقه يصل إلى ثلاثين متراً، لهذا البئر عدة عيون تمده بالتغذية اللازمة ويرجع عُمر العيون إلى نفس عُمر البئر، وبالنسبة إلى معدلات ضخ المياه الصادرة من العيون إلى البئر تتراوح بين أحد عشر إلى ثمانية عشر لتراً من المياه في الثانية الواحدة.
أما عن قصة الوجود؛ فنشأ هذا البئر بمعجزة من الله تعالى إلى أم سيدنا إسماعيل عليه السلام، حيث بعد أن ترك سيدنا إبراهيم عليه السلام زوجته هاجر وابنه إسماعيل انطلاقاً لأمر الله، في واد لا إنس ولا زرع فيه وبعد انتهاء الماء الذي كان بحوزتها، بدأ الطفل يبكي من العطش فذهبت تطلب المياه بصعود جبل الصفا ثم جبل المروة سبع مرات، بعدها تفجرت مياه البئر بمعجزة من الله.
جاءت التسمية لهذا البئر لأن السيدة هاجر كانت تجمع مياه البئر بيدها "فتزمه زماً"، لهذا السبب سمي ببئر زمزم، وهذا بسبب قوة المياه المتفجرة التي خرجت بها هذه المياه من الأرض، ولمياه زمزم أهمية كبيرة لدى المسلمين، بحيث تعتبر هذه مياه مقدسة، لأنها ذكرت في العديد من الآيات القرآنية والأحاديث النبوية الشريفة، ولوجودها في منطقة مقدسة تعتبر قبلة المسلمين.
يجب الإشارة إلى أن هذا البئر تعرض للطمر في أحد العصور، وجاء اعادة حفرة على يد جد الرسول محمد صلى الله عليه وسلم بعد حلمه بوجود بئر مياه في منطقة مكة، فطلب اعادة حفرة والتفتيش عليه الى ان تم إيجاده وتحققت رؤياه.
أما على مواصفات هذا الماء؛ فإن مياه هذا البئر تعتبر مضادة للأكسدة في الجسم، وتساعد في معالجة أمراض الأمعاء، وتعتبر غنية بالفيتامينات والعناصر الأساسية لجسم الإنسان، وتشير بعض الأبحاث أنها تساعد في التخلص من الخلايا السرطانية.