للختان العديد من الفوائد الصحية، أهمها أنه يقي من الالتهابات الخاصة بالجهاز التناسلي، والوقاية من التهابات المجاري البولية حيث أجريت دراسات تبين أن الأطفال غير المختونين أكثر عرضة لالتهاب المجاري البولية أكثر من الأطفال المختونين. كما وتتمثل أهمية الختان في الوقاية من سرطان القضيب، وهو سرطان معدوم لدى المختونين. التقليل من عدوى انتقال الأمراض الجنسية، ووقاية الزوجة من الإصابة بسرطان عنق الرحم.