تكمن أهمية الهيكل التنظيمي بإنشاء مسار عمل تتحرك فيه الإجراءات والعمليات بشكل سلس معروف من جميع الموظفين وأيضاً العملاء فيما يتعلق بالخدمة التي يحتاجونها، وضمان أن لا يكون هناك أي نوع من تداخل المسؤوليات غير المدروس. حيث يقوم الهيكل التنظيمي بما يلي:
1- تحديد المستويات الإدارية والتقسيمات الوظيفية في المؤسسة ، ومجموع المهام والمسؤوليات المطلوبة منها على مستوى القسم وعلى مستوى الموظف (الوصف الوظيفي) ، بالإضافة إلى توضيح مؤشرات الأداء وكيفية قياسها وتحسينها.
2- توضيح الصلاحيات الممنوحة لكل جزء من الهيكل التنظيمي ، وترتيب طبيعة ومسار العلاقات بين هذه الأجزاء.
3- تحديد مسار القيمة المضافة في المؤسسة بشكل انسيابي وسلس ، بالإضافة إلى تحديد مراكز التكلفة.