تتعدد أسباب تلوث الماء بتعدد مصادرها، فمنها الطبيعي والآخر صناعي أو كيميائي.
ومن أهم مصادر تلوث الماء ما يلي:
- المخلفات الطبيعية مثل مياه الصرف الصحي.
- تسرب النفط عبر السفن وناقلات النفط الكبيرة عبر البحار والمحيطات.
- انتشار المواد والعناصر السامة مثل الرصاص والزئبق والزرنيخ والتي تؤثر على الكائنات البحرية والانسان.
- تكون الامطار الحامضية نتيجة تجمع الغازات السامة في الهواء وفي طبقات الجو العليا.
- استخدام المبيدات الحشرية بشكل كبير يؤدي إلى تلوث مياه الابار الجوفية.
- القاء مخلفات المصانع في مياه البحر والمحيطات دون معالجة.