تتعدد ملوثات الأطعمة وتتنوع , ويحدث في مراحل مختلفة من التصنيع والمعالجة , فقد يتم نقل الملوثات من مكان المادة الاساسي كالمزرعة والحقل , او التعامل البشري مع مخلفات الحيوانات ثم التعامل المباشر مع المادة الغذائية , وقد تختلف أنواع الملوثات الغذائية فمنها الميكروبي والذي يكون سببه كائنات حية دقيقة لا ترى بالعين المجردة كالبكتيريا والفيروسات والفطريات, وقد يكون كيميائي بسبب مبيدات حشرية وأسمدة متنوعة او بسبب مواد كيميائية ومنظفات ومعقمات , وقد ييكون المسبب فيزيائي والذي يكون بسبب وجود بقايا شوائب او اتربة او زجاج في المادة الغذائية ,او عدم إهتمام بالنظافة الشخصية من قبل العامل وممارسته للسلوكيات الخاطئة مثل عدم غسل يديه بعد إستعمال دورات المياه , او عد إلتزامات بإشترطات الصحة والسلامة العامة .