المجهر الأكتروني يمتلك قوة تكبير تصل لمليون مرة وهو يتكون من انبوب مفرغ من الهواء ومثبت في اعلاه مدفع الكترونات لأطلاق الألكترونات, ويتم التحكم باتجاه سيل الألكترونات بواسطة مجموعة مغناطيسات ثم تصطدم الألكترونات بالعينة المراد فحصها وتخترقها ثم تسقط على فيلم فوتوغرافي خاص حيث تنطبع العينة على الفيلم الفوتوغرافي.