المجهر الضوئي يتكون من عدسات مكبرة ومصدر ضوء اسفل العينة, وتصل قوة تكبيره لألف مرة, كما يمكن رؤية العينة مباشرة من خلال العدسات, وهو رخيص نسبياً, بينما يستعمل المجهر الألكتروني سيل من الألكترونات ذات الموجات القصيرة يتم توجيهها بواسطة مغناطيسات معينة لتخترق العينة وتسقط على فيلم فوتوغرافي, وتصل قوة تكبيره الى 2.5 مليون مرة, ولهذا يستعمل لرؤية اجزاء الخلية, وهو اغلى ثمناً من المجهر الضوئي.