بما أن صلاة الإستخارة مشتملة على الدعاء ، وأفضل وقت للدعاء هو في الثلث الأخير من الليل ( وذلك كل ليلة ) لأن ذلك الوقت من أفضل أوقات الإجابة .
ففي الحديث الشريف أن رسول الله صلى الله عليه وسلم قال: ( ينزل ربنا تبارك وتعالى كل ليلة إلى السماء الدنيا حين يبقى ثلث الليل الآخر يقول: من يدعوني فأستجيب له؟ من يسألني فأعطيه؟ من يستغفرني فأغفر له ) متفق عليه .
كما تجوز صلاتها في كل وقت إلا أوقات النهي وهي :
1- بعد صلاة الفجر حتى تطلع الشمس .
2- من وقت طلوع الشمس حتى ترتفع مقدار رمح .
3- من بعد صلاة العصر حتى غروب الشمس .
4- من وقت ميل الشمس للغروب حتى تختفي .
وعليه : فأفضل وقت لصلاة الإستخارة هو وقت الثلث الأخير من الليل يعني من الساعة الواحدة فجراً حتى آذان الفجر .