التوقف المفاجئ عن استخدام وتناول الثيوبنتال قد يسبب الإصابة بجلطات دماغية أو التعرض لتشنجات عصبية لأن هذا الدواء يعمل على معالجة الشحنات والتشنجات الدماغية ويقلل من الضغط الدماغي،
أما في حالات استخدامه لمعالجة الحالات البسيطة فإن التوقف عن تناوله قد يسبب بعض المضاعفات مثل التشنجات العضلية والشعور بالغثيان والشعور بالتعب والإرهاق الدائم وتنميل الأطراف.