تتعدد الأسباب التي تؤدّي إلى الإصابة بسوء الامتصاص ومن أهمها:
* بعض الأمراض الوراثية.
* زيادة الطبقة المخاطية على جدران المعدة.
* انعدام التوزان في البكتيريا المعوية
* اتباع نظام غذائي غير متوازن لفترة طويلة
* الإصابة بأمراض و التهابات في جدار الجهاز الهضمي
* الاسهال المزمن
* تناول بعض أنواع الاأطعمة التي تؤثر على جدار الأمعاء الدقيقة مثل: التوابل الحارة
* الإصابة بالامراض النفسية
* مرض كرون (وهو عبارة عن التهاب وتقرحات تحدث في جدار الأمعاء).
* أمراض الكبد
* عدم تحمل اللاكتوز
* تناول بعض أنواع الأدوية
* حصى المرارة
* سرطان البنكرياس
* نقص فيتامين ب 12