تتضمن الأعراض المعدية المعوية الأكثر شيوعاً لاستخدام الميتفورمين الإسهال والحرقة والغثيان، يليها ألم في البطن، والانتفاخ، وما زالت آلية تسببه بهذه الأعراض غير واضحة ومع ذلك، فإنّ هناك عدّة فرضيات مختلفة تفسّر هذه الأعراض من ضمنها تسببه بتحفيز إفراز الأمعاء من السيروتونين، والتغيرات التي يسببها في عملية التمثيل الغذائي للجلوكوز وإنكرتين وسوء امتصاص أملاح الصفراء.