على الرغم من تعدد فوائد الليمون الا أنه هناك أضرار منه , فبالبعض اذا تناول عصير الليمون ييبه تهيجاً في المعدة ويصبح عنده حرقة في المعدة, واذا تم شرب عصير الليمون بكثرة يمكن أن يضر بالأسنان ويؤثر على طبقة المينا , ويجب الحذر أذا تم تناوله بكميات كبيرة فأنه يمنع من امتصاص الكالسيوم في الجسم, فيجب علينا الحذر لا نبالغ في استخدام الشيء ولا نمنع نفسنا منه , استخدامه بطريقة معتدلة .