تم استخدامه من اجل تصوير الذرات المنفردة المتفرقة التى تتواجد على سطح معدن ، و قد تمكن عام ١٩٨١ م العالمان جيرد بينيج و هنر روهرير من تصوير ذرة واحدة تتواجد بمفردها لمواد مختلفة
و تبلغ قوة التكبير فى الميكرسكوب النفقى الماسح حوالى مائة مليون مرة و يتم من خلال هذا الميكرسكوب رؤية صورة العينة فى الابعاد الثلاثة باستخدام حاسوب متصل بالمجهر يعمل على تحويل المعلومات الواصله اليه