يتشابه الميكروسكوب الماسح والنافذ في استعمال سيل من الإلكترونات لفحص العينة, غير ان الميكروسكوب الماسح يمسح السطح الخارجي للخلية الحية, ويعطي صورة ثلاثية لسطح الخلية الحية, بينما يخترق الميكروسكوب النافذ العينة, ويعطي صورة للتركيب الداخلي للخلية الحية, كما يستعمل في دراسة الأحجار والمعادن, حيث يظهر التركيب البللوري للعينة.