يمكن تأكيد تشخيص الإصابة بموه انعدام المخ من خلال التقييم الطبيّ، والقيام بفحصٍ جسديٍّ والبحث في التاريخ المرضيّ للشخص والقيام بالفحوصات التصويريّة مثل التضوّء (transillumination) وهو تصويرٌ بالأشعة السينية للأوعية الدموية باستخدام صبغةٍ محددة أو التصوير الطبقيّ المحوريّ حيث يتم استخدام الأشعة السينية وجهاز الحاسوب لإنتاج ملفٍ يظهر صور مقطعيّة للهياكل الداخلية مثل الدماغ.
وفي بعض الحالات قد يتم تشخيص موه انعدام المخ قبل الولادة باستخدام الموجات فوق الصوتية للجنين للكشف عن وجود أي تشوهاتٍ جسدّية مميزة.