يختلف تاثير الأدوية على كيمياء الدماغ، اعتمادا على تركيبة الدواء ونوعه وهدفه وقدرته على اختراق السائل الشوكي الموجود في الدماغ، بحيث إن هناك ادوية تعمل على الأعصاب الموجودة في الدماغ بهدف تسكين الالم أو علاج حالات مرضية مختلفة تتعلق بالأعصاب مثل الصرع على سبيل المثال.
كما هناك ادوية تعالج الاضطرابات النفسية، مثل أدوية الاكتئاب وأدوية الذهان والتي تؤثر على مستوى الهرمونات في الجسم من خلال تأثيرها على مستقبلاتها في الدماغ، ومن الأمثلة على أدوية الاكتئاب مثبطات استرداد السيروتونين الانتقائية (SSRI ) والتي تعمل على زيادة مستوى هرمون السيروتونين في المخ من خلال منع امتصاصه.