يتم علاج تكيس المبايض بطرق مختلفة بحسب الحالة. قد يصف الطبيب بعض الأدوية مع التوصية بتناول غذاء صحي وممارسة التمارين الرياضية أو يتم اللجوء للخيار الجراحي ويتم كي الكيسات بالليزر. في الحالات التي يتعذر فيها الحمل بشكل طبيعي، تلجأ المرأة المصابة بمتلازمة المبيض متعدد الكيسات إلى عمليات التلقيح المجهري.