لإزالة الكيس على المبيض، يتم غالباً إجراء عملية جراحية، وذلك إما بالمنظار (بالإنجليزية: Laparoscopy)، أو بفتح البطن (بالإنجليزية: Laparotomy). وبهذه العمليات، يتم في معظم الحالات إزالة الكيس فقط، ولكن قد يضطر الجراح إلى إزالة المبيض أيضاً في بعض الحالات. ويتم اللجوء إلى الجراحة لعلاج كيس المبيض في حالات معينة، مثل تسببها بأعراض شديدة، أو كبر حجمها، أو استمرار وجودها لأكثر من ثلاث دورات شهرية.