ينشأ الكيس على المبيض نتيجة عدّة أسباب رئيسية منها:
*الاضطربات الهرمونية: عادة ما تنشأ الأكياس الوظيفية والتي لا تتطلب العلاج فتذهب من تلقاء نفسها نتيجة الاضطربات الهرمونية أو استخدام الأدوية المحفزة للإباضة.
*الانتباذ الرحمي البطيني: وهي حالة طبية ينمو فيها نسيج الرحم في أماكن خارج الرحم مثل قناتي فالوب أو التجويف البطني والذي يتسبب بظهور أكياس نسيجية تتسبب بالألم عند الجماع.
*الحمل: تنمو أكياس المبيض بشكل طبيعي عند الحمل لدعمه حتى تكوّن المشيمة لتختفي لاحقا إلا أنذها أحيانا قد لا تتختفي مما يُضطر إلى إزالتها جراحيا.
*الإصابة بعدوى الجوض الشديدة التي تنتقل إلى قناتي فالوب مكونة الأكياس.