نميل إلى التفكير في الأفاعي على أنها مهيمنة وخطيرة، لكن في واقع الأمر لديها عدد مذهل من الأعداء الطبيعيين، بالنسبة للعديد من الأنواع فهي صراع حقيقي من أجل البقاء، من الواضح أن البيض والفقس معرضون للخطر بطريقة خاصة.
ربما من الصعب تصديق أن الأفاعي لها أعداء كثيرون الطيور الكبيرة، الخنازير البرية، النمس، الراكون، الثعالب، القيوط وحتى الثعابين الأخرى هي عدد قليل من الأخطار التي تقع الأفاعي فريسة لها.
هناك العديد من الحيوانات المفترسة التي تأكل بيض الأفاعي، حيث تعتبر سحلية مراقبة المياه ومراقب الحقول من الأعداء الرئيسيين، بفضل ألسنتها المتشعبة، تتمتع هذه السحالي بكفاءة عالية في تحديد موقع بيض الثعابين، سوف تأكل دفعة كاملة بشكل سريع، كما أن غرير العسل والبابون والقرود وصغار الأدغال مغرمون أيضًا ببيض الثعابين.
تعتبر الأفاعي اليافعة معرضة للخطر أيضا على نحو خاص وغالبًا ما تأخذها الثدييات آكلات اللحوم ومجموعة متنوعة من الطيور وسحالي المراقبة والثعابين الأخرى. غالبًا ما تكون معدلات البقاء على قيد الحياة منخفضة لأن الحيوانات المفترسة تقضي على أعداد كبيرة من الثعابين الصغيرة.
القطط المنزلية هي أيضًا مشكلة كبيرة وهي جيدة جدًا في قتل الأفاعي الصغيرة، تميل القطط إلى إحضار نصف ثعابين ميتة إلى المنزل، كما تفعل مع الفئران، ويتعرض الناس للعض أحيانًا أثناء محاولتهم إنقاذ الثعابين.
تواجه الأفاعي البالغة أيضًا مجموعة متنوعة من الحيوانات المفترسة، وخاصة الطيور مثل الصقور والنسور والطيور السكرتارية وأبواق الأرض وغيرها الكثير. تأكل العديد من الثدييات الثعابين، ويُعرف غرير العسل والنمس بقاتلة الأفاعي الفعالة للغاية.
تتبنى الأنواع المختلفة استراتيجيات مختلفة للبقاء على قيد الحياة، حيث تحافظ معظم الأفاعي الصغيرة على مكانة منخفضة جدًا وتتغذى كثيرًا، وبالتالي تقلل من عدد الحيوانات المفترسة التي تهددها. المامبا السوداء مثلا، يبلغ طولها 50 سم عندما تفقس وتبقى منخفضة أثناء تناول أكبر قدر ممكن من الطعام. ومن المعروف أن يصل طولها إلى مترين في غضون عام.
يتعامل غرير العسل بسهولة مع الثعابين البالغة، لكن النمس ليس بنفس الكفاءة في قتل الأفاعي كما يُعتقد غالبًا. في الحقيقة، معظم الثعابين التي يلتقطها النمس هي أحداث من غير المحتمل أن يكون للنمس أي تأثير كبير على أعداد الأفاعي.
أكبر تهديد للأفاعي هي الأفاعي الأخرى. هناك العديد من الأفاعي التي تتغذى على الأفاعي الأخرى. معظم الكوبرا، وثعابين الرمل والعشب، وثعابين الملفوف وحتى ثعابين البومسلنغ سوف تأكل الثعابين الأخرى إذا سنحت الفرصة.
تعتبر ثعابين الغصين من المتخصصين في الثعابين وهي مغرمة على نحو خاص بالأفاعي الخضراء من جنس فيلوثامنوس - ثعابين ناتال الخضراء وثعبان المياه الخضراء. وليس من غير المعتاد أن يأكل الثعبان ثعبانًا آخر أطول منه. يتم طي الوجبة بشكل متعرج أثناء ابتلاعها.
يصطاد البشر الأفاعي لأسباب مختلفة. يتم أسر العديد من سلالات الثعابين المختلفة وشحنها إلى دول أخرى لبيعها في متاجر الحيوانات الأليفة، تستخدم الثعابين السامة في صنع مادة مضادة للفينون، وهي مصنوعة من سمها وتستخدم لإنقاذ حياة ضحية لدغة الأفاعي. يستخدم جلد الثعبان في صنع أشياء كثيرة بما في ذلك الأحذية والمحافظ والأحزمة. ولسوء الحظ، كثيرًا ما يقتل الكثير من الناس الثعابين بدافع الخوف.
أحد أكبر التهديدات التي تواجه الثعابين، كما هو الحال مع العديد من الحيوانات الأخرى، هو تدمير البشر لموائلهم. يتم تدمير منازلهم لإفساح المجال للمزارع والمزارع والطرق السريعة.
للأفاعي طرق عديدة لحماية نفسها، يعد تلوينها وحده تمويهًا رائعًا ويمكن لبعض الثعابين أن تختبئ تحت الرمال أو الأوراق للحصول على تغطية إضافية. بعض النفخات والصفير بصوت عالٍ أو هز ذيلهم الخشخشة لإخافة حيوان مفترس محتمل بينما يتخبط الآخرون ويعلقون لسانهم ويلعبون ميتًا! ستحاول الثعابين السامة الهروب أو تخويف الصياد قبل محاولة عضهم.