يحتوي معجون الاسنان على مادة الفلورايد وغيرها من المواد الكيميائيه التي تعد آمنه في حال استعمالها بالطريقه الصحيحة. فمثلاً، مادة الفلورايد تكون آمنه افي حال عدم تجاوز الكمية التي تدخل الجسم عشرين ملغ يومياً، ويمكن أن يؤدي تجاوز هذه الكمية إلى مشاكل عدة من اهمها ضعف العظام والاربطه الموجودة في المفاصل، وضعف العضلات، والإصابة بعدد من مشاكل في الجهاز العصبي، كما يمكن ان تؤدي إلى تغيّر لون الأسنان لدى الأطفال بشكل خاص عند استخدامها قبل ظهور الأسنان الدائمة لدى الطفل، كما يمكن أن يسبب تناول كمية صغيرة من فلورايد الصوديوم أعراضاً مثل الغثيان، والقيء، والإسهال.
اما المواد الكيميائية الأخرى التي تكون معجون الاسنان، فإنها يمكن أن تتسبب بأضرار صحية عديدة على المدى الطويل منها السيليكا المائية التي تسبب الضرر لسطح الأسنان، وتعيق عمليات تثبيت المعدن في الأسنان، وبالتالي يمكن أن تسبب تلف طبقة المينا، وإحداث تجاويف في الأسنان على المدى الطويل.