أسباب تخلخل الأسنان عديدة ويجب مُراجعة الطبيب لتحديد السبب الرئيسي والتمكن من علاج المشكلة .
فمن الأسباب أن يكون السن لبني وذابت جذوره من شأنها أن تسبب تخلخل في السن اللبني لبروز السن الدائم مكانه وهذا طبيعي , وبعض الحالات ان يكون المريض قد تعرض للاصابة او الكدمات على السن مما ادى الى تخلخله , أو سوء بالأطباق نتيجة حشوة جديدة خاطئة في الضرس ويسبب له مشاكل في الأطباق تؤدي الى تخلخله. السبب الاكثر شيوعا وهو التهاب اللثة مما يؤدي الى التهاب وتآكل في العظم حول السن وبالتالي ضعف في الجذر وانكشاف التاج وفي النهاية تخلخل السن.