هنالك بعض الملاحظات تشير إلى أن الاستخدام المستمر لمضادات الذهان قد يؤثر على تركيب الدماغ، وذلك عن طريق نقص حجم المادة الرمادية القشرية في أنحاء المخ وزيادة حجم العقد العصبية القاعدية.
وتشير بعضها إلى الربط بين موت العصبونات في القشرة المخية عند النساء غالبا وتناول مضادات الذهان التقليدية وغير التقليدية عند الأشخاص المصابين بمرض الزهايمر.
لكن لا يوجد إلى الآن دراسات بحثية شاملة لتأثير هذه الأدوية على دماغ الإنسان على المدى البعيد، بحيث يتم اختبار هذه المضادات والانتباه على تأثيرها على الدماغ.