هناك العديد من المضاعفات التي تحدث نتيجةً لالتهاب البنكرياس المناعي، حيث تتضمن ما يأتي:
1. تكلسات أو حصوات البنكرياس.
2. قصور البنكرياس: أحياناً يؤثر التهاب البنكرياس المناعي الذاتي في قدرة البنكرياس على إنتاج إنزيمات كافية، وقد تتضمن العلامات والأعراض الإسهال وخسارة الوزن وداء العظام الأيضي ونقص الفيتامينات أو المعادن.
3. داء السكري: وذلك لأن البنكرياس هو العضو المسؤول عن إنتاج الأنسولين، فقد ينجم عن أي ضرر يلحق به الإصابة بداء السكري، وقد تحتاج إلى العلاج بالأدوية التي يتم تناولها عن طريق الفم أو الأنسولين.