تعتبر زراعة الشعر من العمليات التي تقل فيها نسبة حدوث المضاعفات بالمقارنة مع غيرها، ومع ذلك يجب الانتباه إلى هذه المضاعفات لكي لا تتفاقم الحالة، ونذكر من هذه المضاعفات ما يأتي:
- الشعور بالألم.
- تكون الوذمة (بالإنجليزية: Edema).
- حدوث نزيف يعتبر خفيف لوفرة الأوعية الدموية في الرأس.
- تكون ندب في رأس المصاب نتيجة إجراء هذه الجراحة.
- الإصابة بالتهاب جريبي (بالإنجليزية: Folliculitis) نتيجة الإصابة بالعدوى أو ضرر أو التعرض لمواد كيمائية ضارة.
- الإصابة بالجُلبة (بالإنجليزية: Crust) وهي عبارة عن جفاف الجزء العلوي من طبقة البشرة المكونة للجلد يرافقه نزيف.
- الإصابة بالفواق.
- الشعور بالحكة في المنطقة المصابة.