صعوبات البحث العلمي عديدة ومطولة وبها تفاصيل كثيرة, نجملها فيما يلي:
- صعوبات متعلقة بمراجع البحث: إختلاف أساليب المراجع بعضها عن بعض, تمييز المراجع ذات الصلة, تقييد مجال البحث
- صعوبات متعلقة ببيئة العمل: قلة الدافعية والتشجيع مع عدم الشعور بالتقدير, محدودية الندوات والمؤتمرات التثقيفية للباحث, قلة الأماكن المخصصة للأغراض البحثية, صعوبة الحصول على الوقت الكافي, قلة المساعدين والمؤسسات الداعمة للباحثين
- صعوبات خاصة: عدم الجدية والواقعية, قلة الإنفاق والتمويل, الجهل في الوصول للمصادر العلمية