أمراض المناعة الذاتية تحدث نتيجة وجود خلل في وظيفة الجهاز المناعي في جسم الانسان . وظيفة الجهاز المناعي هي حماية الجسم من دخول الاجسام الغريبة مثل الجراثيم والفيروسات والطفيليات او حمايته من خطر داخلي مثل نشوء خلايا سرطانية . تحدث هذه الامراض بسبب عدم قدرة الجهاز المناعي على التمييز بين العدو الخارجي وما هو موجود بشكل طبيعي داخل الجسم فيبدء الجسم بمهاجمة خلية او انسجة وربما عضو باكمله . أمثلة على الامراض المناعية : التصلب المتعدد -التهاب المفاصل الروماتويدي - البهاق -الصدفية .