كما يحدث في العديد من العيوب الخلقية الأخرى ، فإن الأطباء لم يتأكدو من سبب إصابة بعض الأولاد بامرض الإحليل التحتي، وقام البعض بربطها ببعض العوامل كما يأتي:
- وجود تاريخ عائلي بالمرض، أو تاريخ للإصابة بالمتلازمات الوراثية الأخرى.
- استخدام الوالدة لعلاجات الخصوبة من أجل الحمل، مثل علاجات الإستروجين.
- زيادة وزن الأم وتجاوزها عمر 35 سنة، و إصابتها بالسكري.
- التعرض للتدخين أو المبيدات الحشرية
- الولادة المبكرة
- التعرض لبعض المواد أثناء الحمل، مثل المبيدات الحشرية.
- العوامل الوراثية و انتقالها بين الأجيال.