ينتج فقد البروتين الشحمي من بيتا من الدم عند وجود مشاكل في الجينات التي تخبر الجسم بكيفية الربط ما بين البروتينات والدهون لصنع شيء يسمى البروتين الدهنيّ (بالإنجليزية: lipoprotein) وعند عدم عمل الجين يكون من الصعب على الجسم هضم أنواع محددة من الدهون والفيتامينات.
ويعد فقد البروتين الشحمي بيتا من الدم حالة جينية متنحية حيث يجب أن يحمل كلا الوالدين هذا الجين كي ينتقل للطفل.