بحسب الدراسات التي اختصت بمشكلة تلوث مياه بحيرة طبريا توصل الخبراء بأن هناك سببان رئيسيان لتلوث مياه بحيرة طبريا وهما:
1.مياه المجاري: حيث يتم إلقاء مياه المجاري في اللحيرة مما أدى إلى تلوث تلك البحيرة.
2. صيد الاسماك: حيث أن هناك بعض انواع من الاسماك تعيش في البحيرة تعمل على تنقية مياه البحيرة من خلال اعتمادها في غذائها على بعض انواع الطحالب، ولكن مع الاسف بسبب ارتفاع أسعار تلك الاسماك في أسواق السمك يتم اصطيادها وبيعها للاستفادة المادية من أسعارها.