لا يعرف المسبب الحقيقي لشلل المعدة في بعض الحالات ، لكته غالبًا ما يحدث نتيجة تضرر العصب المعروف بالعصب الحائر الذي يقوم بالتحكم بعضلات المعدة ، يحدث ضرر العصب الحائر نتيجة مجموعة من الأمور مثل إجراء عملية جراحية في الأمعاء أو المعدة ، أو الإصابة بالسكري ومن عوامل الخطورة التي تزيد من احتمالية الإصابة بشلل المعدة ما يأتي :
*قصور الغدة الدرقية.
*السكري.
*وجود أمراض في الجهاز العصبي مثل التصلب اللويحي و غيره.
*العدوى الفيروسية.
*إجراء عملية جراحية في البطن أو المريء.
*استخدام الأدوية التي تبطئ من معدل تفريغ المعدة مثل المسكنات المخدرة.
*الإصابة بتصلب الجلد.