يتكون الجهاز البولي من الكليتين، الأنابيب البولية، المثانة والإحليل. كل واحد من هذه المركبّات يلعب دورا هاما في إخراج الفضلات من الجسم. تكون اسباب التهاب المسالك البولية، عادة، دخول جراثيم إلى الجهاز البولي، من خلال الإحليل، ثم تبدأ بالتكاثر في المثانة.
وعلى الرغم من أن الجهاز البولي مصمم بطريقة يفترض أن تمنع دخول بدائيات النوى (Prokaryote) هذه، إلا أن المنظومة الدفاعية هذه تخفق، أحيانا، في أداء مهمتها. وحين يحصل مثل هذا الإخفاق، تفرض الجراثيم سيطرتها وتبدأ بالتكاثر فتسبب التهابا قويا وحادا في المسالك البولية.