يتم علاج خلل الهرمونات عن طريق معرفه المشاكل والهرمون المختل من الاساس من اجل محاوله اصلاح المشكله وتثبيط او زياده نشاط الغده المصابه ان امكن فمثلا في خال خلل الاستروجين قد يصفه الطبيب من اجل علاج جفاف المهبل والالم في العلاقه الجنسيه ووسائل تنظيم الحمل من اجل تنظيم الدوره الشهريه وازاله حب الشباب ومضادت الاندروجين من اجل علاج تساقط الشعر وتنظيم مشاكل الغده الدرقيه في حال وجود خلل بها والعديد من العلاجات الاخرى .