يشترك كل من العلاج الطبيعي والعلاج الوظيفي بالأهداف ولكن يختلفان بطريقة تنفذيها كما يلي:
1) العلاج الوظيفي وهو عبارة عن مساعدة الأشخاص ذوي الإعاقات الجسدية أو الفكرية الحسية أو حتى الاجتماعية على تنمية قدراتهم وإعادة تأهيل مهاراتهم للتكيف مع إعاقتهم فهو يساعده على القيام بأنشطته بغض النظر عن اعاقته. وفى عملية التأهيل يحاول المعالج أن يبني الثقة في نفس الشخص ذو الإعاقة وكذلك يكون اكثر تواصل مع عائلته لتوجيههم إلى أساليب وطرق معينة للتعامل معه.
2) أما العلاج الطبيعي فهو فن التعامل مع الجسم لتحسين حالته الصحية ومنع حدوث اصابات مستقبلية فهو يمنح العناية المباشرة للمرضى الذين يعانون من مشاكل فى الحركة أو خلل وظيفي سواء كان السبب فى ذلك مرض أو إصابة ليساعدهم على الوصول إلى أفضل حالة وظيفية وحركية في استعادة الوظائف العضوية والأداء الحركي باستخدام طرق فيزيائية وبعض التمارين العلاجية، وكذلك الوقاية من حدوث إعاقات أو زيادة أي عجز قد يحدث من المرض أو الإصابة.