يرتبط نقص فيتامين د بشكل وثيق بالعديد من الأمراض المناعية , بحيث يلعب دور مهم في تنظيم Th1 "cell mediated" و Th2"Humoral " في الجهاز المناعي , ويقوم بهذه الوظيفة من خلال تنظيم خلايا Th3 والتي تتحكم بتمايز الخلايا المناعية th1 ,th2 , ويرتبط نقص فيتامين د بشكل وثيق بـ "Autoimmune thyroid disease" والمعروف بإسم هاشيموتو .
- كما يعمل فيتامين D على تنظيم مستويات سكر الدم , بحيث أن نقص مرتبط بعملية مقاومة الأنسلوين حيث أن مقاومة الأنسولين تؤثر بشكل سلبي على وظائف الغدة الدرقية .
- فيتامين د يتم إمتصاصه في الأمعاء الدقيقة في القناة الهضمية , ووجود إلتهاب فيها مشكلة شائعة لدى الأشخاص الذين يعانون من قصور في الغدة الدرقية مما يقلل إمتصاص فيتامين د .
- يرتبط مستوى الكورتيزول المرتفع بإنخفاض مستويات فيتامين د , بحيث أن عملية تحويل فيتامين د إلى الشكل النشط تحتاج الكوليسترول , وهرمونات التوتر ايضاً تعتمد على الكوليسترول , وعندما يعطي الجسم ردة فعل ناتج عنها إجهاد وتوتر فإنه سيتم إستهلاك الكوليسترول والذي بدوره يقلل من صنع الكورتيزول مما يؤدي إلى نقص في إنتاج فيتامين د والذي بدوره يؤثر على وظائف الغدة الدرقية .