يتم علاج كيس المبيض تبعاً لحجمه ونوعه:
* في حالة الكيس الهرموني المملوء بالماء والناتج عن عدم تحلل الجسم الأصفر يتخذ الطبيب قراره تبعاً لحجم الكيس، فإذا كان الكيس صغيراً، يمكن أن يضمحل ويزول من تلقاء نفسه أو بمساعدة أدوية منع الحمل، أما في حالة الأكياس الأكبر حجماً فقد تحتاج إلى قيام الطبيب بإجراء طبي لوخزها وتفريغ محتوياتها.
* في حالة أكياس المبيض ذات الأنواع الأخرى (التي تحتوي على الدم أو بقايا خلايا أو شعر أو غيره) لا بد من إجراء جراحة لاستئصال الكيس وعمل خزعة.