الحكمة من الهجرة هو بيان عظم الدعوة الاسلامية وعظمة هذا الدين، وأن الفرار والهجرة لأجل الدين سبب سام إن لم تستطع تطبيقه في بلد يعصى فيه الله ويحارب فيه الدين الاسلامي.
لذلك هاجر محمد عليه الصلاة والسلام كي يبين لنا وللبشرية جمعاء أن الدين أهم من بلدك والمكث فيه، وأن الدين أهم من بيتك والبقاء فيه، وأن الدين هو سبب الوجود في هذه الحياة الدنيا، وأن حمل الرسالة هي مقصد خلقنا نحن البشر وليس مقصد خلقنا البناء والتعمير وهجر الدعوة والدين، بل البناء والتعمير في مكان يوجد به دين وارساء دعائم الدولة وفق نهج الله، فكانت الهجرة لهذا السبب.